Nước HOCl đã được chứng hiệu quả và an toàn khi tiếp xúc với thực phẩm. Dung dịch có khả năng tiêu diệt được những chủng vi khuẩn hay gặp như: Escherichia coli, Salmonella, Listeria, Staphylococcus và MRSA, đặc biệt cũng có hiệu quả chống lại các vi khuẩn sinh bào tử khó tiêu diệt như Clostridium và Bacillus. Những chủng vi khuẩn thường tồn tại trên thực phẩm và gây nguy cơ ngộ độc thực phẩm cao.
HOCl được FDA cho phép làm chất diệt khuẩn và tiếp xúc trực tiếp với thực phẩm như rau củ, gia cầm, thịt đỏ hay hải sản.
Theo hướng dẫn của Food Safety and Inspection Service, nước HOCl có thể được sử dụng trong vệ sinh thực phẩm như sau:
Thịt đỏ nguyên con hoặc ¼ con: 20-50 ppm dạng xịt
Gia cầm đã mổ nguyên con: 20-50 ppm dạng xịt
Khử trùng nước dung trong nhà xưởng hay nước để pha chế: 1-5ppm
Nước làm lạnh gia cầm: lên đến 50 ppm
Nước làm lạnh tái sử dụng: lên đếm 5 ppm
Chế biến gia cầm đã qua giết mổ bị nhiễm bẩn: 20 ppm
Xin khử khuẩn thịt bò nguyên khối: 20 ppm